Los días 6 y 7 de noviembre del año 1985, en la ciudad de Bogotá, sucedió la toma del Palacio de Justicia realizada por el grupo guerrillero M-19. Según la investigación por parte de la Comisión de la Verdad y Forensic Architecture, implementando el mismo software para videojuegos utilizado en el caso anterior, más varias horas de grabación recopiladas por cámaras de distintos noticieros de la época, se logró recrear la escena de los dos días de la toma y la presunta implicación del Ejército colombiano en la desaparición forzada de magistrados y personal de servicios generales.

Según los reportes del Ejército, estas personas habían muerto dentro de las instalaciones gubernamentales, pero resulta ser falso, ya que varias de las personas que aseguraron dichas muertes aparecían saliendo del Palacio vivas y custodiadas por soldados, quienes los llevaban a la casa del florero.

El nombre de esta investigación, "Las cajas negras de la desaparición", se da debido a la falta de evidencia fílmica de algunos lugares en donde posiblemente torturaron, interrogaron y hasta asesinaron a varias personas. Esto se debió a varios factores. El primero fue que, en el segundo día de la toma del Palacio de Justicia, el Ejército no permitió la entrada de los camarógrafos a varios puntos clave, como el cordón de seguridad que había entre el Palacio y la casa del florero, donde llevaban a las personas. Tampoco se dejó pasar dentro de esta última e incluso el Ejército retuvo cualquier material fílmico por más de 20 años. Cuando este fue entregado, las cintas estaban editadas. Su reconstrucción en el software fue posible gracias a varios testimonios situados, en donde también se reconoce como otra gran caja negra el cantón norte, donde varias personas fueron transportadas para, posiblemente, desaparecerlas (Forensic Architecture, 2021).